截至2020年9月，醫(yī)院平均開放床位數(shù)2264張，在崗職工6226人。醫(yī)院設(shè)有37個(gè)臨床科室，10個(gè)醫(yī)技科室。有34個(gè)博士點(diǎn)、1個(gè)臨床博士后流動(dòng)站。在崗博士生導(dǎo)師70人，中國(guó)科學(xué)院院士1人、中國(guó)工程院院士2人，科技部創(chuàng)新領(lǐng)軍人才青年領(lǐng)軍1人，國(guó)家自然科學(xué)基金杰出青年基金獲得者5人、科技部“973”首席科學(xué)家1人、3人入選國(guó)家級(jí)“新世紀(jì)百千萬人才工程”，國(guó)家自然科學(xué)基金優(yōu)秀青年科學(xué)基金獲得者5人，衛(wèi)生部突出貢獻(xiàn)專家10人。2012年該院醫(yī)生專家馬芙蓉、崔國(guó)慶、劉忠軍3人分別入選《中國(guó)名醫(yī)百?gòu)?qiáng)榜》名單。

北醫(yī)三院脊柱外科是國(guó)內(nèi)最強(qiáng)的學(xué)科，生殖醫(yī)學(xué)中心的治療方法最全面、規(guī)模是國(guó)際最大之一，中國(guó)內(nèi)地首例試管嬰兒在此誕生。運(yùn)動(dòng)醫(yī)學(xué)研究所是新中國(guó)最早成立、國(guó)內(nèi)唯一的中國(guó)奧委會(huì)指定運(yùn)動(dòng)員傷病防治中心。眼科在眼外傷、角膜移植、白內(nèi)障和青光眼等方面處于國(guó)內(nèi)第一方陣；消化科在潰瘍病發(fā)病機(jī)制研究及治療、早期胃癌的診療等領(lǐng)域居國(guó)內(nèi)前列；心血管內(nèi)科在冠心病介入治療、心臟病人康復(fù)治療、心血管臨床與基礎(chǔ)協(xié)調(diào)發(fā)展等方面成績(jī)突出；成形科、職業(yè)病科是國(guó)內(nèi)率先成立的臨床特色學(xué)科。

經(jīng)過幾代人的共同努力，北醫(yī)三院已躋身國(guó)內(nèi)三甲醫(yī)院第一方陣。醫(yī)院擁有20個(gè)國(guó)家臨床重點(diǎn)?？疲汗强?、藥劑科（臨床藥學(xué)）、病理科、?？谱o(hù)理、檢驗(yàn)科、消化科、婦科、產(chǎn)科、職業(yè)病科、耳鼻喉科、心血管分子生物學(xué)與調(diào)節(jié)肽重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室、呼吸內(nèi)科、神經(jīng)內(nèi)科、普通外科、泌尿外科、眼科、麻醉科、康復(fù)醫(yī)學(xué)科、成形科（整形外科）、運(yùn)動(dòng)醫(yī)學(xué)科。婦產(chǎn)科為國(guó)家婦產(chǎn)疾病臨床醫(yī)學(xué)研究中心，產(chǎn)科、康復(fù)醫(yī)學(xué)科為國(guó)家產(chǎn)科專業(yè)、國(guó)家康復(fù)醫(yī)學(xué)醫(yī)療質(zhì)量管理和控制中心。

北醫(yī)三院有3個(gè)教育部創(chuàng)新團(tuán)隊(duì)：骨科、運(yùn)動(dòng)醫(yī)學(xué)研究所、婦產(chǎn)科；1個(gè)國(guó)家臨床研究中心：婦產(chǎn)疾??；1個(gè)教育部重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室：輔助生殖；1個(gè)國(guó)家衛(wèi)生健康委重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室：心血管分子生物學(xué)與調(diào)節(jié)肽；8個(gè)北京市重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室：磁共振成像設(shè)備與技術(shù)、脊柱疾病研究、生殖內(nèi)分泌與輔助生殖技術(shù)、心血管受體研究、運(yùn)動(dòng)醫(yī)學(xué)關(guān)節(jié)傷病、幽門螺桿菌感染與上胃腸疾病、眼部神經(jīng)損傷重建保護(hù)與康復(fù)、神經(jīng)退行性疾病生物標(biāo)志物研究及轉(zhuǎn)化；3個(gè)北京市國(guó)際科技合作基地：出生缺陷防控、冠心病臨床與基礎(chǔ)研究、仿生鈦骨科內(nèi)植入物。